เรื่องราววที่ประเทศญี่ปุ่น ขณะที่กำลังจะจัดมหกรรมกีฬาระดับโลก World Sports Games (WSG) ที่จะกำลังจะมีขึ้นในโตเกียว ซึ่งจะจัดขึ้นทุก ๆ 4 ปี แต่แล้วก็มีเหตุการณ์ไม่คาดฝันเกิดขึ้น บุคคลสำคัญระดับสูงพร้อมทั้งเหล่าสปอนเซอร์รายใหญ่ของงานได้ถูกลักพาตัวไปทีละคน โดยไม่มีใครรู้ว่าใครเป็นผู้อยู่เบื้องหลัง ซึ่งเป็นเหตุการณ์ที่คล้ายกับเหตุการณ์ที่เคยเกิดขึ้นในสหรัฐอเมริกาเมื่อ 15 ปีก่อน ร่วมไขปริศนาไปพร้อม ๆ โคนันและ ตัวละครอีกมากมาย